Misi dari SMK Pelayaran Wira Samudera:

1. Mempertebal kecintaan dan kebanggaan taruna didik terhadap almamater, bangsa, negara dan tanah air Indonesia dengan cara  meningkatkan patriotisme, nasionalisme, dan kebhinekaan-kebangsaan, serta mempertebal jiwa korsa;
2. Membangun kredibilitas taruna didik  melalui pendidikan akhlak mulia dan kepribadian luhur  serta memperkuat iman dan taqwa, sikap amanah, sportif, objektif, transparan, demokratis, setia,mengabdi, dan bertanggungjawab dalam menjalani kehidupan sehari-hari sebagai warga masyarakat dan warga negara maupun dalam menjalani tugas profesinya guna meningkatkan citra sekolah di mata masyarakat  dan stake-holders;
3. Mendidik dan melatih taruna-taruni memiliki kecakapan hidup melalui olah hati, olah rasa, olah pikir, dan olah raga sehingga mampu menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi agar mampu mengaktualisasikan kehandalan dirinya dalam menjalankan tugas profesinya sesuai dengan tuntutan keahlian dan perkembangan zaman;
4. Mendidk dan melatih taruna-taruni agar mampu mengaktualisasikan sikap dan cara kerja yang profesional yaitu sikap ilmiah, taat azas, produktif, akuntabel, koordinatif, peraya diri, responsif, berwawasan ke depan, berorientasi pada mutu, antisipatif, kreatif, dan inovatif, serta mampu bekerja-sama;